A CPTM possui uma Comissão Especial de Meio Ambiente, formada pelos seguintes representantes:

• Ronaldo Margini Marques - Coordenador
• Rogerio F. da Silva - Presidência
• Eduardo Wagner de Sousa - Diretoria de Engenharia e Obras
• José Heitor do Amaral Gurgel - Diretoria de Planejamento
• Walter G. Fernandes - Diretoria Administrativa Financeira
• Raul Merino Vicentini - Diretoria de Operação e Manutenção

O grupo se reúne periodicamente e tem a missão de garantir o cumprimento de sua Política Ambiental, definida em 2004.