As obras da CPTM, além de trazer melhorias no transporte público, também geram recursos para os municípios. As empresas e construtoras que prestaram serviços para a Companhia pagaram a 26 cidades do Estado quase R$ 20 milhões de ISSQN (Imposto Sobre Serviço de Qualquer Natureza).
Guarulhos foi o município mais beneficiado com R$ 5,8 milhões devido às obras de implantação da Linha 13-Jade, que ligará São Paulo ao aeroporto de Cumbica. Em seguida, vem a capital paulistana com R$ 5,3 milhões. Nesse caso, o destaque é a realização de projetos de modernizações das estações da CPTM.