O Departamento de Privacidade e Proteção de Dados, chefiado pela Encarregada de Dados, é o responsável pela implementação e coordenação do Programa de Governança em Privacidade e Proteção de Dados Pessoais da CPTM.

Além disso, cabe à Encarregada e por extensão ao Departamento, zelar pela garantia dos direitos  dos titulares de dados e adotar providências quando necessárias, orientar funcionários e contratados a respeito das boas práticas, comunicar-se com órgãos competentes e prestar assessoramento técnico para as demais áreas da CPTM sobre privacidade e proteção de dados pessoais, entre outras atribuições.